MIME (Mutations Interference Mapping Experiment)
Forskare från universitet vid Berlin och Strasbourg har producerat banbrytande fynd som bl a kan underlätta utveckling av läkemedel som hindrar spridningen av skadliga virus. Den vetenskapliga studien publicerades nyligen i Nature Methods.
Forskargruppen har utvecklat en metod som kallas för MIME (Mutations Interference Mapping Experiment) för att undersöka interaktionen mellan RNA med sina respektive interaktionspartner i detalj. Forskarna valde en strategi: att analysera RNA genom att tillsätta ett protein till en pool av miljarder slumpmässigt muterade RNA. På så sätt har forskarna fått fram uppgifter för varje typ av mutation samt exakta mutationsfrekvenser på vilken position som helst av RNA. Genom matematiska och statistiska beräkningar som utvecklats av forskaren Max von Kleist, kan den funktionella konsekvensen av alla möjliga mutationer kvantifieras. Forskarna kan också bestämma vilken del och strukturella konfiguration av RNA som är ansvarig för den undersökta funktionen.
MIME-metoden är banbrytande i studien av viral replikation. Många av de mest hotfulla sjukdomar överförs av så kallade RNA-virus, såsom HIV, influensa och hepatit C. Vad de har gemensamt är att genomet inte består av DNA, men RNA. Med hjälp av MIME kan forskarna avgöra hur det genetiska materialet hos ett virus införlivas vid slutet av sin reproduktionscykel. Detta har stor betydelse för medicinsk praxis.
För närvarande är många RNA-baserade behandlingar under utredning i hela världen. MIME-metoden kan ge ett betydande bidrag till denna forskning genom att identifiera lämpliga RNA-segment. Metoden ger också information om vilka mutationer som tolereras av viruset eller inte, en faktor som är användbar för utformning av terapeutiska läkemedel, det vill säga genom att förhindra virus från att utveckla resistens.
Finns samband med den pusselbit Dr Judy Mikovits saknade?
Jag kan faktiskt inte undvika att dra en parallell med Dr Judy Mikovits och intervjun med henne om XMRV-viruset, dvs svårigheten att leta efter något som sannolikt finns, men man vet inte vad man letar efter. D v s ”sökinstrumentet” måste vara exakt inställt på det man letar efter: ”Så varje gång vi sätter en sekvens i databasen, kom det upp med XMRV eftersom det inte fanns annat att kolla upp det mot. Men du måste komma ihåg att XMRV inte är ett enda virus, det är en familj av virus. Och det kan finnas många andra retrovirus som liknar det som kan vara patogena för människor. Vi har bara inget säkert sätt att identifiera dem på just nu.”
Går kroniska sjukdomar att bota? 